Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs wurde der ehemalige Filmproduzent der UFA und damalige oberste Film-Offizier der amerikanischen Besatzungsmacht Erich Pommer (METROPOLIS, DER LETZTE MANN) mit dem Wiederaufbau und der Neuordnung der deutschen Filmwirtschaft beauftragt. Gemeinsam mit dem renommierten Dokumentarfilmregisseur, Kameramann und seinerzeit Sprecher der Filmproduzenten in der amerikanischen Besatzungszone, Curt Oertel, und dem Geschäftsführer des Verbandes der Filmverleiher in Wiesbaden, Horst von Hartlieb, konzipierte er Anfang 1948 nach dem Vorbild des in den USA geltenden Production Codes die Freiwillige Selbstkontrolle der Filmwirtschaft (FSK). Es war das erklärte Ziel der filmwirtschaftlichen Verbände, behördliches Eingreifen und staatliche Reglementierung überflüssig zu machen. Zudem sollte eine Zersplitterung in regionale Einzelverfahren ausgeschlossen werden.

Zuvor hatten Militärbehörden der drei Besatzungsmächte eine allumfassende und richtunggebende Kontrolle über das Filmwesen in den westlichen Zonen Nachkriegsdeutschlands übernommen. Filmzulassungen der Alliierten Filmzensur erfolgten nach den drei Maximen Security – Wahrung der militärischen Sicherheit, Reeducation – politische Umerziehung und Screening – Bereinigung von nationalsozialistischen und imperialistischen Inhalten. Eine Prüfung unter Jugendschutzgesichtspunkten wurde nicht vorgenommen, sodass die Kultusminister der Länder in den drei westlichen Besatzungszonen eine „Kommission zur Prüfung der Frage: Gefährdung der Jugend durch Filme“ im Hessischen Kultusministerium in Wiesbaden einrichteten. Diese Kommission sollte Vorschläge für einen ländereinheitlichen filmischen Jugendschutz entwickeln, denn Kinder und Jugendliche hatten bislang Zugang zu jeder öffentlichen Filmvorführung.

Die Kultusminister und der Arbeitsausschuss der Filmwirtschaft (ADF), die Vereinigung der Filmwirtschaftsverbände der Produzenten, der Filmtheater und der Verleiher in den drei westlichen Zonen, einigten sich nach komplizierten Verhandlungen auf eine gemeinsame Selbstkontrolleinrichtung. Auch die Kirchen nahmen ihre Verantwortung gegenüber dem Medium Film wahr und suchten nach Mitwirkungsmöglichkeiten in einer künftigen freiwilligen Selbstkontrolle.

Das Gremium, das im Sommer 1949 erstmals zusammentrat, bestand aus Vertretern und Vertreterinnen der Filmwirtschaft, der Länder, der Katholischen Jugend Bayerns und der Kirchen. Als ersten Film prüfte die FSK am 18. Juli 1949 im relativ unzerstört gebliebenen Westflügel des Biebricher Schlosses in Wiesbaden INTIMITÄTEN von Paul Martin. Der Film war ein sogenannter Überläufer. Noch in der NS-Zeit hergestellt und 1944 von der NS-Filmprüfstelle verboten, wurde er 1947 von der Alliierten Militärzensur freigegeben und lag nun der neu gegründeten FSK zur Prüfung vor. Die Entscheidung war antragsmäßig: Freigegeben zur öffentlichen Vorführung ab 16 Jahren ohne Schnitt, nicht geeignet für die stillen Feiertage.

Die ersten Prüfungen galten zunächst noch als Probelauf. Da es noch kein Jugendschutzgesetz gab, spielte die Jugendfreigabe zunächst noch eine untergeordnete Rolle. Es galt vor allem zu prüfen, ob von Filmen eine nazistische, staatsfeindliche oder militaristische Tendenz ausging und ob sie „entsittlicht“ wirkten. Am 28. September 1949 übertrugen schließlich die Alliierten Militärbehörden in einem offiziellen Festakt im Biebricher Schloss vor Vertretern des Bundes, der Länder, der Kirchen und der Filmwirtschaft offiziell ihre Kontrollbefugnis auf die nunmehr auch formell etablierte FSK.

Die Länder der sowjetischen Besatzungszone beteiligten sich nicht an der FSK, da in der im selben Jahr gegründeten DDR die Filmkontrolle vom Staat übernommen wurde. Erst 1990 schlossen sie sich im Zuge der Wiedervereinigung der FSK an und entsandten ihre Vertreter in die Prüfungsausschüsse.

Am 9. Dezember 2004 wurde mit dem Film SOPHIE SCHOLL – DIE LETZTEN TAGE der 100.000. Film von der FSK geprüft.

Seit Ende 2008 gelten neue FSK-Kennzeichen. Der Umgestaltung lagen 2008 vorgenommene Änderungen im Jugendschutzgesetz zu Grunde, in denen u.a. die Mindestgröße und Sichtbarkeit der Alterskennzeichen gesetzlich festgeschrieben wurde.

Alleine im Jahr 2009 wurden 362 Kinofilme sowie 1027 Filme auf DVD in den Ausschüssen gekennzeichnet.

Gemeinsam mit zahlreichen anderen Institutionen und Firmen aus dem Bereich Medien und Film hat die FSK seit April 2009 ihren Sitz im von der Friedrich-Wilhelm-Murnau-Stiftung neu eröffneten Deutschen Filmhaus in Wiesbaden. Das angebundene Murnau-Filmtheater mit seinen großzügig angelegten Räumlichkeiten ermöglicht der FSK seitdem Prüfungen in situationsgetreuer Kinoatmosphäre und bietet parallel eine Umgebung für öffentliche Veranstaltungen, Besuche, Tagungen und  Fortbildungen.

Die FSK engagiert sich auch im Online-Bereich. Seit Ende 2009 bietet die FSK auf gesetzlicher Grundlage des Jugendmedienschutz-Staatsvertrages der Länder (JMStV) auch Serviceleistungen für Jugendschutz im Internet an. Dazu zählen die Übernahme des gesetzlich erforderlichen Jugendschutzbeauftragten sowie ein aktives Risikomanagement für Anbieter von Internetseiten, insbesondere mit filmischen Inhalten.